Naxçıvan Muxtar Respublikasında səhiyyənin qədim tarixi vardır. Regionda təbii dərman bitkiləri geniş yayıldığı üçün onların vasitəsilə müxtəlif xəstəliklər müalicə edilmiş və bu təcrübə nəsildən-nəslə ötürülərək yaşadılmışdır. Təbii ki, o dövrlərdə səhiyyə xidməti heç bir tibbi savadı olmayan ara həkimləri, əsasən də sınıqçı, loğman və mamaçalar tərəfindən göstərilmişdir. Professional mənada tibbi xidmətlərin göstərilməsi XIX əsrin II yarısına təsadüf edir. Arxiv materiallarından məlum olur ki, Rusiya çarlığının 1847-ci il tarixli cənubi Qafqazda tibb işçilərinin ştatı haqqında qanununa əsasən hər bir qəzada 1 həkim, 2 feldşer və 1 mama ştatı müəyyənləşdirilmişdir. Rus həkim və feldşerləri bu məqsədlə qəzalara göndərilmişdir. Naxçıvanda ilk tibb müəssisəsi 1889-cu ildə Şərur qəzasında açılmışdır. Çar Rusiyası dövründə tibb sahəsində müəyyən uğurlar qazanılsa da ümumilikdə səhiyyə sisteminin formalaşması və təkmilləşməsi Sovetlər dövründə reallaşmışdır. 1920-ci ilin oktyabrında Naxçıvan bölgəsində ilk səhiyyə şöbəsi təşkil edilmiş və yeni tibb ocaqlarının açılması prosesi başlanmışdır. 1924-cü ildə səhiyyə şöbəsi Naxçıvan MR Xalq Səhiyyə Komissarlığına çevrilmişdir (1946-cı ildən bu qurum Səhiyyə Nazirliyi adlanır). Bu hadisə bölgədə səhiyyənin inkişafına təkan vermişdir. Ümumiyyətlə, Sovet İttifaqı dövründə muxtar respublikada səhiyyə sisteminin formalaşması və inkişafı xalqımızın ən böyük nailiyyətlərindən biri olmuşdur.
Sovet İttifaqının son dövrlərindən başlayaraq ölkədə yaranmış iqtisadi-siyasi problemlər nəticəsində muxtar respublikanın səhiyyə sistemində neqativ hallar müşahidə olunsa da Azərbaycanın dövlət müstəqilliyinin möhkəmləndirilməsindən sonra vəziyyət nəzarət altına alınmış və həyata keçirilən islahat proqramlarıyla Naxçıvan səhiyyəsinin beynəlxalq səhiyyə sisteminə inteqrasiya dövrü başlanmışdır.
Bu gün Naxçıvan Muxtar Respublikasında əhalinin sağlamlığının qorunması və tibbi xidmətin səviyyəsinin yüksəldilməsi dövlət qarşısında duran ən mühüm vəzifələrdəndir. Aparılan genişmiqyaslı islahatlar çərçivəsində yeni səhiyyə ocaqları tikilməkdə, köhnələr əsaslı surətdə təmir olunaraq yenidən qurulmaqda və ən müasir tibbi avadanlıqlarla təchiz olunmaqdadır. Sadəcə 2000-2005-ci illərdə muxtar respublikanın ən ucqar yaşayış yerləri də əhatə olunmaqla, 48 səhiyyə obyekti tikilmiş, 35 səhiyyə ocağında əsaslı təmir-bərpa işləri aparılmış və müasir tibbi avadanlıqlarla təmin edilərək əhalinin istifadəsinə verilmişdir.
2005-2010-cu illərdə isə Naxçıvan Diaqnostika-Müalicə Mərkəzi, Kəngərli rayon Mərkəzi xəstəxanası, Şərur rayonunda ən müasir avadanlıqlarla təchiz olunmuş Xəstəxana Şəhərciyi, Naxçıvan Muxtar Respublikası Ağ Ciyər Xəstəlikləri Dispanseri, Uşaq Bərpa Mərkəzi, Körpələr evi, Naxçıvan Şəhər Təcili Tibb Mərkəzi, Doğum Mərkəzi, Onkoloji Mərkəz, Ağciyər Xəstəlikləri Dispanseri, kəndlərdə həkim ambulatoriyaları və feldşer-mama məntəqələri tikilərək və ya yenidən qurularaq istifadəyə verilmişdir.
Ümumilikdə 1995-2010-cu illərdə 179 səhiyyə obyekti tikilərək və ya əsaslı təmir olunaraq istifadəyə verilmişdir.
2013-cü il ərzində Babək Rayon Mərkəzi Xəstəxanasının tikintisi, Kəngərli Rayon Mərkəzi Xəstəxanasının yenidən qurulması, Babək Rayon Cəhri Kənd Sahə Xəstəxanasının əsaslı təmiri başa çatdırılmışdır.
Şərur rayonunun Dəmirçi, Xanlıqlar və Sərxanlı, Babək rayonunun Çeşməbasar, Ordubad rayonunun Bist, Culfa rayonunun Kırna, Kəngərli rayonunun Xok, Şahbuz rayonunun Kükü və Qızıl Qışlaq kəndlərində həkim ambulatoriyası binalarının, Şərur rayonunun Şahbulaq və Gümüşlü, Babək rayonunun Şəkərabad, Ordubad rayonunun Nəsirvaz, Nürgüt, Ələhi və Xurs, Culfa rayonunun Teyvaz, Şahbuz rayonunun Güney Qışlaq və Ayrınc kəndlərində feldşer-mama məntəqələrinin tikintisi, Sələsüz kəndində həkim ambulatoriyası binasının yenidən qurulması başa çatdırılmışdır.
Babək rayonunun Babək qəsəbəsində, Şərur rayonunun Kürkənd, Kürçülü, Yuxarı Yaycı və Axaməd, Babək rayonunun Xal-xal, Ordubad rayonunun Gilançay, Culfa rayonunun Gal və Qızılca kəndlərində feldşer-mama məntəqələrinin, Ordubad rayonunun Tivi kəndində həkim ambulatoriyası binasının tikintisi, Şərur rayonunda Cəlilkənddə həkim ambulatoriyası binasının yenidən qurulması başa çatdırılmışdır.
2021-ci ildə Əhaliyə göstərilən səhiyyə xidmətlərinin daha da yaxşılaşdırılması istiqamətində Naxçıvan Muxtar Respublikası Gigiyena və Epidemiologiya Mərkəzinin, modul tipli xəstəxananın, Şərur və Şahbuz Rayon Gigiyena və Epidemiologiya Şöbələrinin, Şərur rayonunun Şəhriyar, Çərçiboğan, Ordubad rayonunun Nüsnüs, Yuxarı Əndəmic və Dırnıs kəndlərində həkim ambulatoriyası binalarının, Şərur rayonunun Dərvişlər, Ordubad rayonunun Vələver, Babək rayonunun Araz kəndlərində feldşer-mama məntəqələrinin tikintisi, Culfa Rayon Gigiyena və Epidemiologiya Şöbəsinin, Ordubad Rayon Uşaq Xəstəxanası binalarının və Babək rayonunun Göynük kəndində feldşer-mama məntəqəsinin yenidən qurulması başa çatdırılmışdır.
Muxtar respublikada 215 tibb müəssisəsi fəaliyyət göstərir ki, həmin tibb müəssisələrində 737 həkim, 2243 orta tibb işçisi çalışır. Hazırda orta tibb işçiləri Naxçıvan Tibb Kollecində, həkimlər isə Naxçıvan Dövlət Universitetinin tibb fakültəsində hazırlanmaqdadır.
Təbii müalicə obyektləri
Darıdağ Balneoloji (arsenli su) Müalicəxanası Culfa şəhərinin 8-ci kilometrliyində olan Darıdağ arsenli termal suyunun bir çox dəri xəstəliklərində müalicəvi əhəmiyyəti vardır. Bu xəstəliklərə qoturluq, sarıyara və piyadermeyanı misal çəkmək olar. Həmin xəstəliklərin müalicəsi üçün müxtəlif saylarda Darıdağ suyundan vanna qəbul edilməlidir. Xəstələrin müalicə vannalarına gələn istilik dərəcəsi müsbət 37 dərəcədən 39 dərəcəyə qədərdir. Müalicə seanslarının müddətləri də fərqlidir. 2005-ci ildə regionların sosial-iqtisadi inkişafı Dövlət Proqramı əsasında beynəlxalq standartlara cavab verə bilən müalicəxana korpusu inşa olunmuşdur. Darıdağ ərazisində 2 yeni müalicəxana korpusundan istifadə edilir. Korpuslarda tibbi yardım göstərməyə geniş şərait və imkanlar vardır. Korpuslarda 1 saat ərzində 25-30 xəstə qəbul etmək mümkündür.
Duzdağ Fizioterapiya Mərkəzi. 1979-cu ildə qədim duz mədənləri bazası əsasında Duzdağ Fizioterapiya Xəstəxanası yaradılmışdır. Xəstəxanada bronxial astma (tənəffüs yollarının xəstəlikləri) və ağciyər bronx sisteminin digər qeyri-spesifik xəstəlikləri müalicə olunur. Müalicə üsulu çox sadədir. Yeraltı şaxtalardakı köhnə duz mədənlərində qoyulmuş çarpayılarda gecələyən xəstələr burada şəfa tapırlar. Müalicə və turistik məqsədlərlə buraya dünyanın bir çox ölkələrindən yüzlərlə insan gəlir.
2008-ci ildə Duzdağ Fizioterapiya Xəstəxanasının bazasında müasir standartlara cavab verən Duzdağ Fizioterapiya Mərkəzi yaradılmışdır. Azərbaycan Respublikasının Prezidenti cənab İlham Əliyev mərkəzin açılışında iştirak etmişdir.
Badamlı Fizioterapiya Xəstəxanası 1980-ci ildə Şahbuz rayonunun Badamlı qəsəbəsində yaradılmışdır. Burada şəfalı Badamlı suyu vasitəsilə həzm sistemi xəstəlikləri (xroniki qastrit, xroniki hepato xolesistit), öd daşı xəstəlikləri, xroniki enterokolit, xroniki mədə yarası, xroniki pankreatit xəstəlikləri müalicə olunur.